Henrique de Beaurepaire Rohan Aragão, filho de Francisco Pires de Carvalho Aragão e Elisa de Beaurepaire Rohan Aragão, nasceu em 21 de dezembro de 1879, em Niterói, estado do Rio de Janeiro. O sobrenome francês é de seu avô materno, Marechal Henrique de Beaurepaire Rohan, um homem que teve ativa participação na vida política e cultural do país, tendo sido cartógrafo e autor de um dicionário de vocábulos brasileiros.

Henrique Aragão formou-se médico na Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro em 1905. Desenvolveu sua tese de doutoramento no Instituto Oswaldo Cruz. Em 1903, ainda como acadêmico, ingressou no Instituto Soroterápico Federal, denominado Instituto Oswaldo Cruz (IOC). E a partir de 1908 desempenhou as funções de pesquisador, professor, chefe de serviço e diretor (1942-1949).

Em 1907, iniciou seus estudos sobre a malária aviária no pombo e descobriu a ciclo exoeritrocitá- rio do hematozoário (Haemoproteus columbae), antecipando a ocorrência de idêntico ciclo na malária humana, fato que foi confirmado trinta anos depois pelo cientista inglês Percy Garnham ao descrever o ciclo hepático do plasmódio.

Em 1909 e 1910 Aragão realizou estudos na França e na Alemanha, especialmente no instituto Zoológico de Munique. Ao retornar ao Brasil, dedicou-se inteiramente à pesquisa, e a produção científica em áreas diversificadas: parasitologia, virologia, saúde pública e biologia em geral.

No Instituto Oswaldo Cruz, foi assistente, chefe de serviço, professor e diretor. Neste cargo, organizou, em zonas estratégicas do país, serviços avançados e profiláticos em doença de Chagas, bouba, esquistossomose e bócio endêmico.

Criou o Centro de Bambuí, em Minas Gerais, para o estudo da doença de Chagas. Sua produção científica é extensa e variada e engloba diversos campos da biologia, sistemática, epidemiologia e profilaxia das doenças parasitárias do homem e dos animais. Seu trabalho clássico é sobre Haemoproteus columbae e o ciclo exo-eritrocitário dos hemosporídeos.

Aragão foi o primeiro pesquisador a demonstrar a transmissibilidade da Leishmaniose brasiliensis por Phlebotomus como também estudou os carrapatos do Brasil com a descrição de várias novas espécies, contribuindo assim para o melhor conhecimento da sistemática dos ixodídeos.

No campo da virologia, Henrique Aragão é um nome de destaque na comunidade científica internacional por duas grandes descobertas: o ciclo exoeritrocitário do parasito da malária e a mixomatose do coelho, que permitiu o controle biológico desse roedor na Austrália. A sua descoberta teve repercussão internacional e beneficiou especialmente a Austrália.

Em 1928 com uma nova epidemia de febre amarela no Rio de Janeiro trabalhou exaustivamente na tentativa de produzir uma vacina antiamarílica, mas não obteve êxito.

Dirigiu o Serviço Especial de Febre Amarela de São Paulo, entre 1937 e 1938, e foi professor do Curso de Malária da Fundação Rockefeller e do Curso de Saúde Pública do Ministério da Educação e Saúde. Foi diretor do Instituto Oswaldo Cruz de 1942 a 1949. Em sua administração deu continuidade às propostas do Serviço de Estudo das Grandes Endemias criado por Evandro Chagas, expandiu suas atividades no interior do país com a criação do posto de saúde para estudo da esquistossomose em Pernambuco e o posto para estudo da doença de Chagas, em Bambuí, Minas Gerais, hoje Centro Avançado de Estudos Emmanuel Dias.

Ainda como diretor do IOC realizou estudos clínicos e epidemiológicos sobre a tripanossomíase e iniciou experiências de combate aos triatomíneos pela borrifação das casas com inseticidas de ação residual.

Durante a Segunda Guerra Mundial, ampliou sua produção industrial de medicamentos e iniciou a fabricação da penicilina e descobriu a cura da bouba, hoje praticamente extinta do país.

Em 1954, por decreto do presidente Getúlio Vargas, recebeu o título honorário de diretor emérito do IOC em reconhecimento dos relevantes serviços científicos prestados à instituição.

Foi membro de várias sociedades, dentre elas: Societé de Pathologie Exotique, Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, da Academia Nacional de Medicina, entre outras.

Apesar de ter se aposentado compulsoriamente, por idade em 1950, dedicou os últimos anos de sua vida ao estudo e classificação dos ixodídeos (carrapatos).

O instituto de Medicina Tropical de Hamburgo outorgou-lhe a medalha nocth, só concedida a cientistas que tenham se destacado por contribuições relevantes à medicina tropical.

O Instituto Oswaldo Cruz possui um pavilhão com o seu nome e o homenageou com dois seminários em sua memória, o primeiro em 1979, no centenário de seu nascimento, e o segundo em 2007, em comemoração ao centenário de sua descoberta do ciclo exoeritrocitário do parasito da malária.