José Gomes de Faria nasceu no município de estado do Rio de Janeiro, em 1887. Filho de José Gomes de Faria e Carolina Albernaz de Faria.

Formado em 1908 pela Faculdade Nacional de Medicina, doutorou-se com a tese "Contribuição ao estudo do carbunculo symptomatico". As pesquisas helmintológicas em Manguinhos tiveram uma grande projeção com os trabalhos de Gomes de Faria que, além de publicar vários trabalhos sobre Trematódios, descreveu algumas espécies novas.

Em 1910, publicou o estudo que desenvolveu sobre o Ancylostoma brasiliense, parasita de gatos e cães, que cria larvas, que quando penetram na pele do homem, produzem uma dermatose muito característica, a chamada "dermatite linear serpiginosa".

Em 1912, participou de expedição científica ao Ceará e ao Piauí, patrocinada pela Inspetoria de Obras contra as Secas, que percorreu as regiões do sertão nordestino e do Centro-Oeste durante o período da seca, órgão do Ministério da Agricultura, Indústria e Comércio. Desenvolveu ainda pesquisas em bacteriologia e biologia marinha e dedicou-se ao campo das fermentações industriais.

Em 1917 ingressou como assistente do Instituto Oswaldo Cruz e foi professor da Escola Nacional de Química. As pesquisas helmintológicas em Manguinhos tiveram uma grande projeção com os trabalhos de Gomes de Faria que, além de publicar vários trabalhos sobre Trematódios, descreveu algumas espécies novas. José Gomes de Faria pertenceu ao quadro permanente de biologistas (pesquisadores) do Instituto Oswaldo Cruz.

Em 1933, transferiu-se para o Instituto Nacional de Tecnologia, onde chefiou a Seção de Fermentações, em um programa de apoio ao Instituto de Açúcar e do Álcool. Professor da Escola Nacional de Química, deu orientação técnica para a criação do Instituto de Pesquisa do Hospital Gaffrée Guinle.

O acervo da Coleção Helmintológica do Instituto Oswaldo Cruz (CHIOC), contém aproximadamente 38 mil amostras. Ela é fruto de trabalho de campo de Gomes de Faria e seu discípulo Lauro Pereira Travassos e dos depósitos realizados por pesquisadores da época, como Adolpho Lutz, Oswaldo Cruz, Gaspar Viana, entre outros. É a maior da América Latina e está entre as maiores coleções de referência mundial. No início dos anos 80 a CHIOC foi citada no A Guide to the Parasite Collections of the World (Rego, 1982).