Foi através do convite do Barão de Pedro Affonso em 1889, que Henrique de Figueiredo de Vasconcellos passou a fazer parte do grupo de pesquisadores seletos de Manguinhos. Substitui Oswaldo Cruz na Diretoria Geral de Saúde Pública, que se demitiu por ter lutado, durante dois anos, contra a redução constante das verbas para saúde pública.

Realizou as primeiras observações em estudos de micologia médica em Manguinhos, pois se formara bacteriologista no próprio Instituto e no Instituto Pasteur de Paris. Foi membro honorário da Academia Nacional de Medicina em 1921. Os dois se conheceram e trabalharam juntos no Instituto Vacínico do Rio de Janeiro. Henrique Vasconcellos foi responsável pela administração e da preparação do soro e da vacina contra peste, mesmo após a saída do Barão.

Aprimorou seus conhecimentos em bacteriologia no Instituto Pasteur de Paris. Iniciou, em 1889, junto com o médico e professor Pedro Afonso Franco (1845-1920), o Barão de Pedro Afonso, com o qual já trabalhava no Instituto Vacínico do Rio de Janeiro, seus trabalhos no Instituto de Manguinhos. Nessa renomada casa da ciência brasileira, com a saída de Pedro Afonso, começou a participar da administração, bem como no preparo do soro e da vacina contra a peste. Ainda aí, em Manguinhos, foi o pioneiro em estudos de micologia médica, revelando-se renomado bacteriologista.

Indicado por Oswaldo Cruz (1872-1917) tornou-se seu substituto na diretoria geral de Saúde Pública. Contudo, demitiu-se dois anos depois, por ter lutado em vão contra a constante redução de verbas direcionadas à saúde da população.

Henrique de Figueiredo de Vasconcellos foi eleito, em 1921, membro honorário da insigne Academia Nacional de Medicina.

Foi membro honorário da Academia Nacional de Medicina em 1921.